【天皇杯】出場全チーム決定！J3相模原は桐蔭横浜大に敗れる、信州ダービーは松本山雅勝利、高原直泰の沖縄SVと岡田武史氏のFC今治が1回戦で対戦！
【アマチュアシード】
Honda FC
[７年連続 42 回目の出場]
【秋 田】
ノースアジア大学
[初出場]
【山 形】
長井クラブ
[初出場]
【埼 玉】
東京国際大学FC
[第 98 回（2018 年）大会以来 2 回目の出場]
【千 葉】
ブリオベッカ浦安
[第 99 回（2019 年）大会以来 5 回目の出場]
【岐 阜】
FC岐阜
[2 年連続 16 回目の出場]
【滋 賀】
MIOびわこ滋賀
[第 100 回（2020 年）大会以来９回目の出場]
【京 都】
同志社大学
[第 86 回（2006 年）大会以来 10 回目の出場]
【大 阪】
関西大学
[第 96 回（2016 年）大会以来 17 回目の出場]
【兵 庫】
Cento Cuore HARIMA
[第 100 回（2020 年）大会以来 10 回目の出場]
【和歌山】
アルテリーヴォ和歌山
[14 年連続 14 回目の出場]
【鳥 取】
ガイナーレ鳥取
[2 年連続 24 回目の出場]
【島 根】
FC神楽しまね
[８年連続９回目の出場]
【岡 山】
環太平洋大学
[第 99 回（2019 年）大会以来 3 回目の出場]
【広 島】
福山シティFC [３年連続３回目の出場]
【山 口】
周南公立大学
[第 99 回（2019 年）大会以来 12 回目の出場]
【香 川】
高松大学
[第 100 回（2020 年）大会以来２回目の出場] ＊
【徳 島】
FC徳島
[７年連続７回目の出場]
【愛 媛】
FC今治
[２年連続 12 回目の出場]
【福 岡】
ギラヴァンツ北九州
[2 年連続 13 回目の出場]
【長 崎】
MD長崎
[4 年連続 6 回目の出場]
【熊 本】
FCKマリーゴールド
[初出場]
【大 分】
ヴェルスパ大分
[6 年連続 12 回目の出場]
＊香川県サッカー選手権大会決勝（カマタマーレ讃岐 vs. 高松大学）は、カマタマーレ讃岐より選手数名の 新型コロナウイルス陽性が判明し、出場辞退の申し出があったため中止に。 これにより、高松大学が天皇杯出場が決定。
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